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    职称:中山大学生物信息学中心主任,高性能计算2011协同创新中心部长。广东省首批自然科学杰出青年基金获得者,教育部新世纪优秀人才。
    职务:博士,中山大学生命科学大学院、肿瘤防治中心,教授、博导。
    专长:在计算机算法和大型工程软件设计开发方面具有丰富的经验
    男,博士,中山大学生命科学大学院、肿瘤防治中心,教授、博导。中山大学生物信息学中心主任,高性能计算2011协同创新中心部长。广东省首批自然科学杰出青年基金获得者,教育部新世纪优秀人才。

    联系方式:13751761881    renjian.sysu@gmail.com

      1998至2002年就读于上海交通大学动力与能源工程学院,获核工程与核技术专业学士学位。2002至2007年在中国科学技术大学近代物理系金革教授实验室攻读博士期间参与国家大科学工程项目"大天区面积多目标光纤光谱望远镜"(LAMOST),并承担其中的巡天战略系统的研发工作,在计算机算法和大型工程软件设计开发方面具有丰富的经验。2007年7月获得物理电子学工学博士学位之后进入中国科学技术大学生命科学学院温龙平研究组进行博士后研究工作,将计算机和天文学算法以及工程学思想成功运用到生物信息学领域,在蛋白质组生物信息学方面取得了丰富成果。主要包括设计出高效的GPS(Group-based Prediction System)预测算法,并基于该算法开发出十多种蛋白质翻译后修饰位点预测工具,此外还构建多个蛋白质相关数据库及辅助工具。2010 年3月获中山大学生命科学学院“百人计划”引进,2011年12月晋升教授。进入生物领域后,在包括Molecular & Cellular Proteomics, Nucleic Acids Research, Cell Research, Briefings in Bioinformatics等国际著名杂志上发表SCI 论文30余篇(9篇IF>7.0),其中通讯或一作20篇,累计影响因子170。所发布的GPS系列工具在蛋白质翻译后修饰领域受到广泛关注,推动了该领域发展,相关文章已被包括Nature、Science及Cell系列杂志在内的文章引用900余次,最高单篇引用超200次,H-index 14。担任国际杂志Frontiers in Genetics编委。主持国家自然科学基金3项,作为骨干参与科技部项目4项。发布生物信息学工具及数据库20多个,获颁软件著作权登记证书14项。

    教育及工作经历
      1998.09 – 2002.07  学士    上海交通大学动力与能源工程学院核工程与自动化专业
      2002.09 – 2007.06  博士    中国科学技术大学近代物理系物理电子学专业
      2007.07 – 2010.03  博士后    中国科学技术大学生命科学学院
      2010.03 – 2011.12  副教授     中山大学生命科学学院
      2011.12 – 今   教授     中山大学生命科学学院
      2012.05 – 今   部长   高性能计算2011协同创新中心应用研发部
      2012.11 – 今   主任     中山大学生命科学学院生物信息学中心
      2014.07– 今   教授(兼职) 中山大学肿瘤防治中心

    联系方式: renjian.sysu@gmail.com

      1998至2002年就读于上海交通大学动力与能源工程学院,获核工程与核技术专业学士学位。2002至2007年在中国科学技术大学近代物理系金革教授实验室攻读博士期间参与国家大科学工程项目"大天区面积多目标光纤光谱望远镜"(LAMOST),并承担其中的巡天战略系统的研发工作,在计算机算法和大型工程软件设计开发方面具有丰富的经验。2007年7月获得物理电子学工学博士学位之后进入中国科学技术大学生命科学学院温龙平研究组进行博士后研究工作,将计算机和天文学算法以及工程学思想成功运用到生物信息学领域,在蛋白质组生物信息学方面取得了丰富成果。主要包括设计出高效的GPS(Group-based Prediction System)预测算法,并基于该算法开发出十多种蛋白质翻译后修饰位点预测工具,此外还构建多个蛋白质相关数据库及辅助工具。2010 年3月获中山大学生命科学学院“百人计划”引进,2011年12月晋升教授。进入生物领域后,在包括Molecular & Cellular Proteomics, Nucleic Acids Research, Cell Research, Briefings in Bioinformatics等国际著名杂志上发表SCI 论文30余篇(9篇IF>7.0),其中通讯或一作20篇,累计影响因子170。所发布的GPS系列工具在蛋白质翻译后修饰领域受到广泛关注,推动了该领域发展,相关文章已被包括Nature、Science及Cell系列杂志在内的文章引用900余次,最高单篇引用超200次,H-index 14。担任国际杂志Frontiers in Genetics编委。主持国家自然科学基金3项,作为骨干参与科技部项目4项。发布生物信息学工具及数据库20多个,获颁软件著作权登记证书14项。


    教育及工作经历
      1998.09 – 2002.07  学士       上海交通大学动力与能源工程学院核工程与自动化专业
      2002.09 – 2007.06  博士       中国科学技术大学近代物理系物理电子学专业
      2007.07 – 2010.03  博士后      中国科学技术大学生命科学学院
      2010.03 – 2011.12  副教授      中山大学生命科学学院
      2011.12 – 今     教授       中山大学生命科学学院
      2012.05 – 今     部长      高性能计算2011协同创新中心应用研发部
      2012.11 – 今     主任       中山大学生命科学学院生物信息学中心
      2014.07– 今     教授(兼职)  中山大学肿瘤防治中心


    承担及参与科研项目
      1. 广东省自然科学杰出青年基金(省杰青,首批16人),S20120011335、蛋白质翻译后修饰相关算法及工具设计、2012/10-2016/10,100万、在研、主持。
      2. 教育部新世纪优秀人才,NCET-13-0610、2014/01-2016/12、50万、在研、主持。
      3. 国家自然科学基金面上项目,31471252、基于双分子荧光互补技术的小类泛素修饰因子调控机制的系统研究、2015/01-2018/12、85万、在研、主持。
      4. 国家国际科技合作专项,2014DFB30020、中国人类蛋白质组学数据的知识发现、2014/04 -2017/04、200/2600万、在研、子课题负责人。
      5. 科技部重大研究计划,2012CB911200、端粒相关蛋白对人类重大疾病作用机制的研究、2012/01 -2016/08、100/2600万、在研、学术骨干。
      6. “广东特支计划” 科技创新青年拔尖人才,2015/04-2018/03、30万、在研、主持。
      7. 广州市珠江科技新星(市人才计划,首批),2011J2200042、蛋白质翻译后修饰计算分析平台构建、2011/11-2014/10、30万、在研、主持。
      8. 国家自然科学基金面上项目,31071154、蛋白质翻译后修饰受可变剪切影响的系统生物学研究、2011/01-2013/12、40万、已结题、主持。
      9. 国家自然科学基金青年基金,30900835、蛋白质共价修饰相关序列模体的计算发现、2010/01-2012/12、20万、已结题、主持。
      10. 科技部重大研究计划,2006CB933300、纳米药物载体增强药物导向性及效应的研究、2006/07-2010/08、30/1500万、已结题、学术骨干。
      11. 广东省自然科学基金,人类蛋白质SUMO化调控机制研究、2014/10-2017/10、10万、在研、主持。
      12. 科技部重大研究计划,2013CB933900、纳米材料调控自噬的机制、安全性及在肿瘤诊疗中的应用研究,2013/01 - 2017/08、52/2600万、在研、外协。

    代表论文
      1. Xue Y#, Ren J#, Gao XJ, Jin CJ, Wen LP, Yao XB. GPS 2.0, a tool to predict kinase-specific phosphorylation sites in hierarchy. Molecular & Cellular Proteomics. 2008;7(9):1598-1608. ( IF: 8.834, cited by 222)
      2. Ren J, Wen LP, Gao XJ, Jin CJ, Xue Y, Yao XB. CSS-Palm 2.0: an updated software for palmitoylation sites prediction. Protein Eng Des Sel. 2008;21(11):639-644. (IF: 3.023, cited by 165)
      3. Ren J, Wen LP, Gao XJ, Jin CJ, Xue Y, Yao XB. DOG 1.0: illustrator of protein domain structures. Cell Research. 2009;19(2):271-273. (IF: 12.413, cited by 105)
      4. Ren J, Gao XJ, Jin CJ, Zhu M, Wang XW, Shaw A, Wen LP, Yao XB, Xue Y. Systematic study of protein sumoylation: Development of a site-specific predictor of SUMOsp 2.0. Proteomics. 2009;9(12):3409-3412. (IF:   4.815, cited by 105)
      5. Zhao Q, Xie YB, Zheng YY, Jiang S, Liu WZ, Mu WP, Liu ZX, Zhao Y, Xue Y* and Ren J*. GPS-SUMO: a tool for the prediction of sumoylation sites and SUMO-interaction motifs. Nucleic Acids Research. 2014;42: W325-30. (IF: 9.112, cited by 4)
      6. Liu WZ, Xie YB, Ma JY, Luo XT, Nie P, Zuo ZX, Lahrmann U, Zhao Q, Zheng YY, Zhao Y, Xue Y* and Ren J*. IBS: an illustrator for the presentation and visualization of biological sequences. Bioinformatics. 2015; doi: 10.1093/bioinformatics/btv362. (IF: 4.981, In press)
      7. Xue Y, Liu ZX, Gao XJ, Jin CJ, Wen LP, Yao XB, Ren J*. GPS-SNO: Computational Prediction of Protein S-Nitrosylation Sites with a Modified GPS Algorithm. Plos One. 2010;5(6): e11290. (IF: 4.411, cited by 53)
      8. Xue Y, Liu ZX, Cao J, Ma Q, Gao X, Wang QQ, Jin CJ, Zhou YH, Wen LP, Ren J*. GPS 2.1: enhanced prediction of kinase-specific phosphorylation sites with an algorithm of motif length selection. Protein Eng Des Sel. 2011;24(3):255-260. (IF: 3.023, cited by 39)
      9. Ren J, Jiang CH, Gao XJ, Liu ZX, Yuan ZN, Jin CJ, Wen LP, Zhang ZL, Xue Y, Yao XB. PhosSNP for Systematic Analysis of Genetic Polymorphisms That Influence Protein Phosphorylation. Molecular & Cellular Proteomics. 2010;9(4):623-634. (IF: 8.354, cited by 24)
      10. Ren J, Liu ZX, Gao XJ, Jin CJ, Ye ML, Zou HF, Wen LP, Zhang ZL, Xue Y, Yao XB. MiCroKit 3.0: an integrated database of midbody, centrosome and kinetochore. Nucleic Acids Research. 2010;38:D155-D160. (IF: 9.112, cited by 11)
      11. Liu ZX, Cao J, Gao XJ, Zhou YH, Wen LP, Yang X, Yao XB, Ren J*, Xue Y*. CPLA 1.0: an integrated database of protein lysine acetylation. Nucleic Acids Research. 2011;39:D1029-1034. (IF: 9.112, cited by 17)
      12. Song CX, Ye ML, Jiang XN, Han GH, Songyang Z, Tan YX, Wang HY, Ren J*, Xue Y* & Zou HF*. Systematic analysis of protein phosphorylation networks from phosphoproteomic data. Molecular & Cellular Proteomics. 2012;11(10):1070-1083. (IF: 7.398, cited by 23)
      13. Liu ZX#, Ren J#, Cao J#, He J, Yang Q, Ma Q, Gao XJ, Yao XB, Jin CJ, Xue Y. Systematic analysis of the Plk-mediated phosphoregulation in eukaryotes. Briefings in Bioinformatics. 2013;14 (3):344-360 (IF: 9.617)
      14. Xue Y, Gao XJ, Cao J, Liu ZX, Jin CJ, Wen LP, Yao XB, Ren J*. A Summary of Computational Resources for Protein Phosphorylation. Current Protein & Peptide Science. 2010;11(6):485-496. (IF: 3.83, cited by 22)
      15. Zheng YY, Guo JJ, Li X, Xie YB, Hou MM, Fu XY, Dai SK, Diao RC, Miao YY* and Ren J*. An integrated overview of spatiotemporal organization and regulation in mitosis in terms of the proteins in the functional supercomplexes. Frontiers in Microbiology. 2014; 5: 573 (IF: 3.989)
      16. Liu ZX, Gao X, Ma Q, Cao J, Ren J*, Xue Y*. GPS-CCD: A novel computational program for prediction of calpain cleavage sites. Plos One.2011;6(4):e19001. (IF: 4.411, cited by 11)
      17. Liu ZX, Cao J, Ma Q, Gao XJ, Ren J*, Xue Y*. GPS-YNO2: computational prediction of tyrosine nitration sites in proteins. Mol Biosyst. 2011; 7(4):1197-1204. (IF: 3.825, cited by 19)
      18. Liu ZX, Ma Q, Cao J, Gao XJ, Ren J*, Xue Y*. GPS-PUP: computational prediction of pupylation sites in prokaryotic proteins. Mol Biosyst. 2011;7(10):2737-2740. (IF: 3.825, cited by 7)
      19. Ren J, Gao XJ, Liu ZX, Cao J, Ma Q, Xue Y. Computational Analysis of Phosphoproteomics: Progresses and Perspectives. Current Protein & Peptide Science. 2011;7(12):591-601.(IF: 3.83)
    20. Xue Y, Liu ZX, Cao J, Ren J.(2011) Systems and Computational Biology - Molecular and Cellular Experimental Systems. InTech. ISBN 978-953-307-280-7(Book Chapter)
     ( *通讯 #一作)

    科研成果(已发布生物信息学工具):
      1. 蛋白质磷酸化位点预测工具:   GPS 2.1 (
    http://gps.biocuckoo.org)
      2. 生物序列功能结构域示意图绘制软件:  IBS (
    http://ibs.biocuckoo.org )
      3. 蛋白质SUMO化位点预测工具:   GPS-SUMO (
    http://sumosp.biocuckoo.org)
      4. 蛋白质棕榈酰化位点预测工具:   CSS-Palm 2.0 (
    http://csspalm.biocuckoo.org)
      5. 磷酸化网络构建工具:    iGPS 1.0 (
    http://igps.biocuckoo.org )
      6. 蛋白质巯基亚硝基化位点预测工具: GPS-SNO 1.0 (
    http://sno.biocuckoo.org)
      7. 蛋白质磷酸化相关SNP数据库:   PhosSNP 1.0 (
    http://phossnp.biocuckoo.org)
      8. 中体、中心体及动粒蛋白质数据库:  MiCroKit 3.0 (
    http://microkit.biocuckoo.org)
      9. 蛋白质乙酰化数据库:     CPLA 1.0 (
    http://cpla.biocuckoo.org)
      10. 钙蛋白酶切位点预测工具:    GPS-CCD 1.0 (
    http://ccd.biocuckoo.org)
      11. 蛋白质酪氨酸硝化位点预测工具:   GPS-YNO2 1.0 (
    http://yno2.biocuckoo.org)
      12. 细胞死亡相关蛋白质数据库:   THANATOS (
    http://thanatos.biocuckoo.org )
        其中GPS、CSS-Palm和SUMOsp已被著名蛋白质组学门户网站ExPASy收录
        收录网址:
    http://www.expasy.org/tools/#ptm 访问量超过7000人/月。
        包括美国BMS(百时美施贵宝)、法国Hybrigenics和日本Eisai在内的多家国际著名制药公司已购买GPS系列软件的商业版授权。


    获颁计算机软件著作权登记证书:
      1. 图形化局部序列比对软件,2014SR004801,2014,中国,任间、张冉、谢宇斌、赵齐
      2. 生物序列特征图标绘制软件,2014SR036498,中国,任间、刘文忠、赵齐、谢宇斌
      3. 生物信号通路示意图绘制软件,2014SR038082,中国,任间、刘文忠、谢宇斌、赵齐
      4. 蛋白质SUMO共价修饰位点与非共价结合模体预测软件,2014SR151730,2014,中国
      5. 蛋白质赖氨酸修饰数据查询系统,2014SR151750,2014,中国
      6. 泛素化及类泛素化修饰数据查询系统,2014SR190469,2014,中国
      7. 真核生物蛋白激酶与磷酸酶数据查询系统,2014SR192186,2014,中国
      8. 医学多中心统计分析软件,2014SR013108,2014,中国,任间、刘文忠、李旭
      9. 蛋白质翻译后修饰棕榈酰化位点预测工具,2009SR022423,2009,中国,任间、薛宇
      10. 蛋白质翻译后修饰磷酸化位点预测工具,2009SR023467,2009,中国,任间、薛宇
      11. 蛋白质翻译后修饰SUMO化位点预测工具,2009SR022424,2009,中国,任间、薛宇
      12. 蛋白质功能结构域示意图绘制工具,2009SR054172,2009,中国,任间、薛宇
      13. LAMOST巡天观测战略系统,2009SR027003,2009,中国,任间、袁海龙、金革

    获奖情况:
      1. 2013年入选教育部新世纪优秀人才。
      2. 2012年获广东省自然科学杰出青年基金,为首批16人之一。
      3. 2015年入选“广东特支计划” 科技创新青年拔尖人才。
      4. 2011年入选首批广州市珠江科技新星。
      5. 2014年于美国MIT获国际遗传工程机器设计竞赛(iGEM)软件组世界总决赛Best Software Project单项大奖,领队。
      6. 2013年于美国MIT获iGEM软件组世界总决赛金奖与Best Software Project单项大奖,领队。
      7. 2012年于美国MIT的iGEM世界总决赛上获得Best Clotho App与Best Genome Compiler Based Design两个单项大奖,领队。
      8. 2012年于香港获iGEM软件组亚洲区金奖,实验组亚洲区银奖,领队。
      9. 2011年于香港获iGEM亚洲区铜奖,领队。

         更新时间:2015.6.29

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